你研究一下汉景帝杀晁错，嘉庆杀和珅。即使不暗示，新官上任的三把火不烧起来，怎么立威？烧谁呢？新君自会掂量一下谁的积怨多，谁的威胁大。帝王，看得是全局，少有个人恩怨
秦孝公并没有直接杀商鞅。
商鞅之死是多方面因素共同作用的结果，包括与秦惠文王的权力斗争、守旧势力的抵制以及秦孝公去世后的政治变化。尽管秦孝公在生前对商鞅有重用和支持，但并没有直接导致商鞅的死亡。
信任有加，生死兄弟，何来恨字一说。
战国秦献公时期，秦献公亲率秦军与魏国在河西进行了一场惨烈的战争，结果秦国俘虏了魏军主帅公叔痤，而秦献公也在战阵中中箭而亡，献公世子瀛渠梁继位秦君。这时山东六国合谋分吞战国七雄中国力最弱秦国，最终由于山东六国各怀鬼胎，分秦计划未能实现。秦孝公即位后，为了雪国耻，决心振兴秦国，为了得到治国能人，孝公在天下广布了一道“求贤令”，于是卫国人，公叔痤的门生商鞅响应了″求贤令"，到了秦国，愿为秦国振兴服务。经一番考察，孝公十分佩服商鞅，双方相见恨晚，于是孝公委与商鞅重任，任命为左庶长，全权委托商鞅在秦国变法。从公元前356年开始，秦孝公与商鞅君臣合体，在秦国实行一场轰轰烈烈的变法，秦国成功地通过几轮连续变法，极大地激发了国人发展经济和图强军力的积极性，使秦国政通人和，国力迅速得到提升，秦国一跃成为七雄之首，为一统天下打下了坚实的基础。
但凡变法必定会动了一部份人的蛋糕，必会遭到极力反对。秦国新法废除贵族一出生就享有爵禄和当官的特权，实行按军功授爵赐田宅的办法，贵族没有军功的，一律没有爵位，贵族阶层的利益受到严重侵蚀，引起了旧贵族阶层的强烈不满，贵族阶层自然对商鞅恨之入骨，欲除之而后快，但商鞅有国君的强力支持，被赋予了强大的权力，恨商鞅的人也无计可施。此外，商鞅在履职期间严励执法，当时的太子嬴驷因年少轻枉而违法，受到了商鞅及秦孝公的处罚而被流放，太子嬴驷的老师，孝公兄长赢乾及资深贵族公孙贾也被株连，公子乾被处以割鼻之刑，公孙贾也被以被毁容的"墨刑″，师生3人都因此遭受其耻大辱，被处罚的这3个人都是地位很高的人，对商鞅自然也是恨得咬牙切齿的。
公元前338年，秦孝公撒手西归后，其子嬴驷继任国君，后称王，为秦惠文王。秦孝公去世后，商鞅的靠山一下子倒下了，其政治地位自然一落千丈。之前反对商鞅及其变法的各路神仙抓到了对商鞅报复的时机，欲置商鞅于死地，尤其是由于变法被剥夺利益的旧贵族伺机跳出来疯狂反扑，强烈要求废除新法，灰复旧贵族在变法前享有的权利。但新君嬴驷及朝野大部份人是拥护能使秦国强大的新法的，都想坚持实行新法。但由于强大的旧贵族力量坚决反对新法，新君也刚即位，政权未稳，需要各方的支持才能稳定朝庭，加上嬴驷曾受过商鞅处罚之辱，多少有一些怨恨商鞅还有一个原因是商鞅在孝公时代与孝公的君臣关糸非常好，得到了孝公的无比信任，且商鞅改革成功在使其在包括孝公在内的秦国朝野臣民享有极高的威望，嬴驷作为太子时都敬畏商鞅，羸驷继位初期，觉得商鞅确有功高盖主的威胁，因此新君嬴驷也不会容得下商鞅，正好利用旧权贵对商鞅的仇恨而除之。于是在嬴驷继任国君同年，以谋反之罚对商鞅处以车裂之刑。
值得一提的是，秦君虽然杀了商鞅，但还是拥护新法的，并没有因杀了商鞅而废其法，相反为了维护新法，还对反新法的旧贵族势力进行了清算，切底扫除了阻碍新法实施的旧贵族势力，继续积极施行新法，使秦国在实行大一统的前进道路上继续高歌猛进。
秦孝公并不恨商鞅，因为秦孝公属于商鞅的伯乐，秦孝公对商鞅是十分信任的，并对他委以重任，完全支持他采取变法，才导致秦国最终强盛的一个基础。